随着新药研究和发现速度的加快，所合成的新化合物分子数量增加，人们更加注重多构效关系总结和研究，希望从中找出某些规律性，来指导药物的设计和改进现有药物。20世纪60年代对构效关系的研究，开始由简单的定性研究走上定量研究。在此基础上发展起来的定量构效关系（QuantitiveStructure-Activity Relationshops,QSAR),是将化合物的结构信息、理化参数和生物活性进行分析计算，建立合理的数学模型，研究构-效之间的量边规律，为药物设计，先导化合物的结构优化和结构改造提供理论依据和指导。

n1964年Hansch和Fujita提出了Hansch线性多元回归模型；

nFree和Wilson提出Free-Wilson加和模型；

n1976年Kier和Hall提出了分子连接指数的方法。

n这些模型所用的参数大多是由化合物二维结构测得，称为二维定量构效关系（2D-QSAR）

n2D-QSAR的研究和应用加快了新药研究的速度和步伐。

  近年来，生命科学和计算机技术的进展，分子力学和量子化学向药学学科的渗透，X-衍射和核磁共振技术的发展，数据库上、分子图形学的应用，为研究药物与生物大分子作用的三维结构、药效构象以及两者的作用模式，探讨构效关系，提供了理论依据和先进手段，在此基础上发展起来的三维定量构效关系（3D-QSAR），促进了计算机辅助药物设计发展（ComputerAided Design,CADD),使药物设计更加趋于合理化。