1）显微镜时代：由于对自然界微小生物的好奇,列文.虎克在显微镜下发现了微生物,并开启了水生生物的研究序幕。

2）电子显微镜时代：电子显微镜的发明又开启了一个新的时代,光学显微镜只能证明硅质鳞片金藻的存在,但是没有其它的意义，只有通过电子显微镜才能鉴定到种。人们才能进一步的研究它们的生态意义。

3）分子时代：目前的研究已经进入分子时代，世界顶级的科学家都在研究全基因组、转录组等方面的研究，通过基因来揭示水生生物的进化、共生、对环境的耐受机制。