目的基因获得一般通过以下4个途径：

（1）协议共享目的基因，即与基因拥有者签署一个授权协议，根据双方商定的条件有限使用目的基因。适用于基因的拥有者和使用者分离，且使用者不克隆基因的情况。

（2）分离目的基因，一般是根据已知基因的序列从生物材料中分离与人工合成。分离目的基因的方法主要有直接分离法、化学合成法、筛选基因组DNA或cDNA文库等方法。

（3）发现新基因，即克隆获得尚未报道的基因，且自己拥有全部知识产权。发现基因至少包括两个阶段，首先发现新基因的存在现象，如物种之间，同一物种的个体之间、同一个体在不同生长发育时期、不同环境条件下基因表达的差异，如新的突变等；然后以基因克隆方法获得新基因。发现新基因的方法主要有：从DNA、cDNA水平克隆的方法，如差异显示、图位克隆、转座子标签和基因芯片等；从蛋白质水平克隆的方法，如酵母双杂交系统、噬菌体展示技术和蛋白质芯片等方法。

（4）改造基因，即对已知基因进行改造（包括突变），使之表达出比天然蛋白质性能更为优异的突变蛋白（mutein）。改造基因的主要目的是在短时间内获取任何期望的突变基因及其编码产物，然后借助筛选程序准确、迅速地获得所需要的改造基因。改造基因常用的方法为碱基定点转换法、局部随机参入法、易错PCR法和DNA改组等。