生物学综合实验基础(H) 校精品、市级一流本科课程
复旦大学
主讲教师:BIOS教学团队
教师团队:共10位
2014年开始建设、2015年夏天首次开课的生物学实验暑期训练营 (Biology Intensive Orientation Summer, BIOS;课号BIOL130142),由生命科学学院科研一线的研究员承担不同实验教学模块的授课,并由专人负责助教培训以及追踪选课学生的成长。BIOS课程以培养学生自主科研能力为目标,其设计和实施充分遵循并运用科学教学和主动学习的理论和方法。课程为学生提供真实的研究经历,并通过精心设计的、全程的学习评价和反馈,真正做到了关注每一位学生个性化学习和科研能力养成。“人生的扣子从一开始就要扣好”,追求卓越的第一步要踩稳。 2020年起,BIOS课程的中文名称更换为“生物学综合实验基础”(课程编码BIOL130166h)以更好体现授课内容。BIOS获评2023年度上海高校市级一流本科课程。 教育部部长怀进鹏“提倡有温度的教育,在传授知识的过程当中,不仅把知识作为一个固化的僵硬的方式,也不是把在信息科学、材料科学等领域的发展只是当作知识的结果,而是去思考:为什么这个问题是这样提出的?在提出这样问题之后又是怎么样去完成的?未来还有哪些挑战性的问题?所以在传授知识的过程当中,学校更应该注重启发和唤醒学生对知识背后的动机问题的认识,以培养他真正的想象力和对问题的质疑能力。”上述思考,与2014年底、课程初建时,马红老师提出的本课程的建设目标一致,是BIOS过去几年的努力方向。本课程对标国外一流大学本科实验教学 (Course-based Undergraduate Research Experiences, CUREs)。近些年,本课程的教学实现了对低年级本科生科研能力的启蒙,成为了拔尖学生学习历程的起点(相关信息请关注微信公众号 tan-school)。 怀进鹏部长提到,“有温度的教育”不只是知识的传递,更要注重人与人之间的沟通、人文的交流,人的素养及团队的合作,特别是对文化的自信、对社会的理解。通过这种方式来关爱学生、培养学生、支持学生的发展。 各年的课程毕业生列表如下 https://2023.bios.ac.cn ; https://2022.bios.ac.cn ; https://2021.bios.ac.cn ; https://2019.bios.ac.cn ; https://2018.bios.ac.cn ; https://2017.bios.ac.cn ; https://2016.bios.ac.cn ; https://2015.bios.ac.cn
职称:研究员
单位:复旦大学
部门:生命科学学院
植物遗传学
Ding L, Wang S, SongZT, Jiang Y, Han JJ, Lu SJ, Li L,Liu JX. Two B-Box Domain Proteins, BBX18 and BBX23, Interact with ELF3 andRegulate Thermomorphogenesis in Arabidopsis. Cell Rep.;13;25(7),2018,1718-1728
Huang X, Zhang Q,Jiang Y, Yang C, Wang Q, Li L*. Shade-induced nuclearlocalization of PIF7 is regulated by phosphorylation and 14-3-3 proteins inArabidopsis. eLife. 2018 Jun21;7. pii: e31636. doi: 10.7554/eLife.31636
Yang C, XieF, Jiang Y, Li Z, Huang X, Li L*.Phytochrome A Negatively Regulates the Shade Avoidance Response by IncreasingAuxin/Indole Acidic Acid Protein Stability. Dev Cell. 2018 44(1):29-41
Song Y, Jiang Y, KuaiB, Li L*. CIRCADIAN CLOCK-ASSOCIATED 1 Inhibits Leaf Senescencein Arabidopsis. Front Plant Sci.2018; 9:280
Peng M, Li Z,Zhou N, Ma M, Jiang Y, Dong A, Shen WH*, LiL*.LinkingPHYTOCHROME-INTERACTING FACTOR to histone modification in plant shade avoidance. PlantPhysiol.2018 176(2):1341-1351
Song Y, Li L*.Methods to Study Darkness-Induced Leaf Senescence. Methods Mol Biol.2018 1744:135-140.
Yang C, Li L*. Hormonal Regulationin Shade Avoidance. Front Plant Sci. 20174(8):1527.
Liu H, YangC, Li L*. Shade-inducedstem elongation in rice seedlings: Implication of tissue-specific phytohormoneregulation. J Integr Plant Biol. 201658(7):614-7.
Song Y, Yang C, Gao S, Zhang W, Li L*, Kuai B*. Age-Triggeredand Dark-Induced Leaf Senescence Require the bHLH Transcription Factors PIF3, 4and 5.MolPlant. 2014 7(12):1776-87
Li L*, Zhang Q, Pedmale UV, Nito K,Fu W, Lin L, Hazen SP, Chory J. PIL1Participates in a Negative Feedback Loop that Regulates Its Own Gene Expressionin Response to Shade. Mol Plant. 2014 7(10):1582-5
Li L, Ljung K, Breton G, Schmitz R,Pruneda-Paz J, Cowing-Zitron C, Cole J,Ivans L, Pedmale U, Jung H, Ecker J, Kay S, ChoryJ. Linking photoreceptorexcitation to changes in plant architecture. Genes & Development. 2012 26 (8): 785-90.
Tao Y, Ferrer JL, Ljung K, Pojer F, Hong F, LongJA, Li L, Moreno JE, BowmanME, Ivans LJ, Cheng Y, Lim J, Zhao Y, Ballaré CL, Sandberg G, Noel JP, Chory J.Rapid synthesis of auxin via a new tryptophan-dependent pathway is required forshade avoidance in plants. Cell. 2008 133 (1): 164-76.
2014年上海市浦江人才计划
2019年万人计划青年拔尖
职称:研究员
单位:复旦大学
部门:生命科学学院
主要是综合运用生物化学、生物物理、分子生物学和细胞生物学的手段,探索细胞与环境作用的机制;目前的研究集中在微丝动态调控及相关的细胞学功能、三维环境中多细胞结构的损伤修复机制。更多信息,请查阅 https://actin.cn
Liang Cai, Alexander M Makhov, Dorothy A Schafer and James E Bear. Coronin 1B antagonizes Cortactin and remodels Arp2/3-containing actin branches in lamellipodia. Cell, 134(5):828–842, Sep 2008. 【封面文章】
职称:研究员
单位:复旦大学
部门:生命科学学院
职务:植物科学研究所副所长
植物分子遗传学、非编码RNA生物学
1. Wang X#, Wang Y#, Dou Y#, Chen L, Wang J, Jiang N, Guo C, Yao Q, Wang C, Liu L, Yu B, Zheng B, Chekanova JA, Ma J, Ren G* (2018) Degradation of unmethylated miRNA/miRNA*s by a DEDDy-type 3’ to 5’ exoribonuclease ATRIMMER2 in Arabidopsis. Proc Natl Acad Sci USA 115 (28), E6659-E6667
2. Wang J#, Mei J#, Ren G* (2019) Plant microRNAs: biogenesis, homeostasis and degradation. Front Plant Sci DOI:10.3389/fpls.2019.00360
3. Wang X#, Zhang S#, Dou Y#, Zhang C, Chen X, Yu B*, Ren G* (2015) Synergistic and independent actions of multiple terminal nucleotidyl transferases in 3’ tailing of small RNAs in Arabidopsis. PLoS Genet 11(4): e1005091.
4. Ren G#, Xie M#, Zhang S, Vinovskis C, Chen X and Yu B* (2014) Methylation protects miRNAs from an AGO1-associated activity that uridylates 5' RNA fragments generated by AGO1 cleavage. Proc Natl Acad Sci USA 111 (17), 6365-6370
5. Ren G, Chen X, Yu B* (2012) Uridylation of miRNAs by HEN1 SUPPRESSOR1 in Arabidopsis. Curr Biol 22(8): 695-700
6. Ren G, Xie M, Dou Y, Zhang S, Zhang C, Yu B* (2012) Regulation of small RNA abundance by TOUGH in Arabidopsis. Proc Natl Acad Sci USA 109(31): 12817-12821
7. Ren G, An K, Liao Y, Zhou X, Cao Y, Zhao H, Ge X, Kuai B* (2007) Identification of a Novel Chloroplast Protein Regulating Chlorophyll Degradation during Leaf Senescence in Arabidopsis. Plant Physiol 144:1429-1441
国家优秀青年基金(2016)
职称:教授
单位:复旦大学
部门:生命科学学院
以蛋白质晶体X射线衍射为主要手段,结合多种生物化学和生物物理等方法,研究RNA沉默和表观遗传学领域中蛋白质与核酸、蛋白质与蛋白质之间相互作用的三维结构基础及其分子机制。
1. Ma, J.B., Ye, K. and Patel, D.J., 2004. Structural basis for overhang-specific small interfereing RNA recognition by the PAZ domain. Nature.429:318-322
2. Ma, J.B., Yuan, Y.R., Meister, G., Pei, Y., Tuschl, T. and Patel, D.J., 2005. Structural basis for 5'-end-specific recognition of guide RNA by the A. fulgidus Piwi protein. Nature. 434:666-670
3. Yuan, Y.R., Pei, Y., Ma, J.B., Kuryavyi, V., Zhadina, M., Meister, G., Chen, H.Y., Dauter, Z., Tuschl, T.and Patel, D.J., 2005. Crystal structure of A. aeolicus Argonaute, a site-specific DNA-guided RNA endonuclease, provides insights into RISC-mediated mRNA cleavage. Mol Cell. 19:405-419
4. Huang, Y., Ji, L., Huang, Q., Vassylyev, D.G., Chen, X., Ma, J.B.* 2009. Structural insights into mechanisms of the small RNA methyltransferase HEN1.Nature 461:823-827.
5. Tian, Y., Simanshu, D.K., Ma, J.B., Patel D.J. 2011. Structural basis for piRNA 2’-O-methylated 3’-end recognition by Piwi PAZ domains, Proc Natl Acad Sci U S A., 108: 903-910
2008年获美国V学者奖 (The V Scholar Award), 2009年获美国NCI-UAB Junior Faculty Development Grants (JFDG),2010年获上海市东方学者(特聘教授),2011年“曙光计划”获得者,2012年上海市“浦江计划”获得者。
职称:教授
单位:复旦大学
部门:生命科学学院
1. 神经退行性疾病的治疗药靶;
2. 神经退行性疾病细胞特异性机制;
3. 建立新的高通量药物筛选技术。
神经疾病往往由正常基因功能的缺失或变异基因的异常功能导致。前者需要对正常基因的神经生理功能进行研究,后者则需要寻找变异基因产生异常功能的机制,以及抑制变异基因表达的方法。本实验室导师的主要成绩涵盖了以上两个方面:一、发现正常生理条件下控制神经兴奋性的背景钠离子通道基因,以及其受神经肽及胞外钙离子调控神经元兴奋性的机制;二、针对神经退行性疾病(亨廷顿病)致病基因变异HTT的药靶筛选,验证和机制研究。主要成果作为原创型研究论文发表在《Nature》,《Cell》,《Nature Neuroscience》和《Neuron》等期刊(均为第一作者或通讯作者)。此外,和美国哈佛大学医学院麻省总院,贝勒医学院,诺华制药等学术及企业界的实验室均保持长期密切合作关系。
1. Lu B*, Al-Ramahi I, Valencia A, Wang Q, Berenshteyn F, Yang H, Gallego-Flores T, Ichcho S, Lacoste A, Hild M, DiFiglia M, Botas J, Palacino J*. “Identification of NUB1 as a Suppressor of Mutant Huntingtin Toxicity via Enhanced Protein Clearance.” Nature Neuroscience,2013, Epub ahead of print; DOI:10.1038/nn.3367
2. Lu B*, Palacino J*. “A novel human embryonic stem cell-derived Huntington's disease neuronal model exhibits mutant huntingtin (mHTT) aggregates and soluble mHTT-dependent neurodegeneration.” FASEB Journal, 2013, Epub ahead of print; DOI: 10.1096/fj.12-219220
3. Lu B, Zhang Q, Wang H, Wang Y, Nakayama M, Ren D. “Extracellular Calcium Controls Background Current and Neuronal Excitability via an UNC79-UNC80-NALCN Cation Channel Complex.” Neuron. 2010;68(3):488-99.
4. Lu B, Su Y, Das S, Wang H, Wang Y, Liu J, Ren D. “Peptide neurotransmitters activate a cation channel complex of NALCN and UNC-80.” Nature. 2009;457(7230):741-4.
5. Lu B, Su Y, Das S, Liu J, Xia J, Ren D. “The neuronal channel NALCN contributes resting sodium permeability and is required for normal respiratory rhythm.” Cell. 2007;129(2):371-83.
吴瑞纪念基金会首届“顾孝诚讲座奖”;国家自然科学基金委“优秀青年”;上海市浦江人才;科技部“863”青年科学家
职称:高级讲师
单位:复旦大学
部门:生命科学学院
主要开展以斑马鱼为研究对象的神经疾病相关的分子机制方面的研究,利用CRISPR/Cas9系统敲除斑马鱼神经元钙离子结合蛋白NECAB2基因,并获得necab2基因表达量显著下降的纯合突变体,此外还获得necab2基因过表达的斑马鱼品系。目前已发表SCI论文20余篇,以第一发明人获得国家发明专利十余项。
郭滨,莫翱溦,乔守怡,皮妍.《遗传学实验的教学改革——经典实验与新技术相融合(二)》,高校生物学教学研究(电子版),2018,8(1),56-60.(通讯作者)
皮妍,苏明杰,韦理强,卢大儒,乔守怡。《遗传学实验的教学改革——经典实验与新技术相融合(一)》,高校生物学教学研究(电子版),2017,7(3),52-56.
皮妍,童恺,乔守怡,卢大儒。《从进化的视角进行肿瘤遗传学的教学探索》,国际遗传学杂志,2016,(39),293-298.
皮妍.基因神探——DNA指纹的遗传分析.高校生物学教学研究(电子版),2015,5(4), 3-4.
皮妍,李晓莹,怀聪,王诗铭,乔守怡,卢大儒。以人类血型为遗传学案例教学的思考与实践。遗传HEREDITAS(Beijing)(核心),35,2013,1-6.
皮妍,乔晓京,林娟,黄燕,吴燕华,杨继,乔守怡。遗传学实验中引入科研思维的探索教学--RNA干扰实验的开展与反馈。高校生物学教学研究(电子版)(核心),2(1),2012,1-4.
皮妍,林娟,朱厚泽,娄慧玲,杨继,乔守怡。野外实习与生命科学学科人才的培养。实验室研究与探索(核心),30(4),2011,138-140。
皮妍,林娟,侯嵘,沈大棱,蒋科技,乔守怡。国内高校遗传学教材发展研究。遗传HEREDITAS(Beijing)(核心)。31(1),2009,109-112。
皮妍,周欣,林娟,顾惠娟,万波,乔守怡。我国高校遗传学学科发展概况及展望。高等理科教育(核心),教育教学研究专辑(二),2009,1-3。
皮妍,蒋科技,乔守怡,唐克轩。喜树碱的生物合成途径和代谢调控。植物生理学通讯(核心),45(11),2009,1051-1060。
皮妍,林娟,郭滨,娄慧玲,蔡新中,田丽芬,顾惠娟,乔守怡。改革遗传学实验教学方法,培养新型创新人才。实验室研究与探索(核心),27(10),2008,86-88。
皮妍,林娟,郭滨,娄慧玲,乔守怡。综合性大学本科遗传学实验教学方法改革探索。高校生命科学基础课程报告论坛文集,2008,121-123。
吴燕华,林娟,卢大儒,皮妍,郭滨,乔守怡.《以遗传学科学思想为核心,创新人才培养模式》,高校生物学教学研究(电子版),2018,8(2),16-19.(第四作者)
(1) JinghuanHu#, Manman Sun, Keji Jiang, Fengying Zhang, Yabo Fang, Wei Song,Chunyan Ma, Yan Pi*, Lingbo Ma*,Second thioredoxin from the mud crab scylla paramamosain: cdna cloning and mrnaexpression analysis, Journal of Crustacean Biology, 2013, 33(5): 681-690. (通讯作者)
(2) Yan Pi#, Keji Jiang, JuanLin, Ying Cao, Qian Wang, Ji Yang, Xiaofen Sun, Kexuan Tang*, Effects ofover-expression of allene oxide cyclase on camptothecin production by cellcultures of Camptotheca acuminate,African Journal of Biotechnology, 2012, 11(24): 6535-6542.
(3) Houze Zhu#, Keji Jiang, Fengying Zhang, Dan Zhang, Yan Pi*, Lingbo Ma*, Improved isolationof good-quality total RNA from the optic stalk of Mud crab, Scyllaparamamosain, Electronic Journal of Biotechnology, 2012, 15(2):10.2225/vol15-issue2-fulltext-7 (通讯作者)
(4) Yan Pi#, Keji Jiang, RongHou, Yifu Gong, Juan Lin, Xiaofen Sun, Kexuan Tang*, Examination ofcamptothecin and 10-hydroxycamptothecin in Camptothecaacuminate plant and cell culture, and the affected yields under severalcell culture treatments, Biocell, 2010, 34(3): 139-143.
《未来科技——用基因解读生命》,上海科学技术出版社,复旦大学出版社和上海科学普及出版社,2018年,第一主编。
《遗传学实验》,高等教育出版社, 2015年,第二主编。
《现代生物技术概论》,高等教育出版社,2010年,参编。
2012年 发表的论文《遗传学实验中引入科研思维的探索教学--RNA干扰实验的开展与反馈》被评为《高校生物学教学研究(电子版)》2011-2012年度优秀论文;
2015年 制作的作品“基因神探——DNA指纹的遗传分析”获得2015年全国高校(生命科学类)微课教学比赛一等奖。
2016年 复旦大学生命科学学院“复星医药奖教金”。
2017年 复旦大学教学成果奖特等奖(第三获奖人)
2017年 上海市教学成果奖一等奖(第三获奖人)
2018年 《遗传学实验的教学改革——经典实验与新技术相融合(一)》和《遗传学实验的教学改革——经典实验与新技术相融合(二)》被评为《高校生物学教学研究(电子版)》2017-2018年度优秀论文。
2018年 所在的遗传学教学团队被评为复旦大学十佳教师团队(钟扬式教学团队)。
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